从第四关起开始有两个支线供选择,分别是 Munlyth 星的“Tooth and Nail”、Argia 星的“The Evacuation og Argia”,Tooth and Nail 主要是趁虫族与神族交战之际,找出最短的道路、率先去取得神族的物品,但到神族物品处时,会有保护物品的巨神兵出现,因此玩家得特别当心,地图中还安排了其他四样神族遗迹,若玩家行有余力寻找到这些遗迹,不仅有机会增加自己在此关卡的成就,甚至可以有助于实验室中研究神族科技。此时 GNN 实际雇用了 Kel'Morian Mercenaries 佣兵参与战斗,在耐打度与攻击力上有明显强化。
Bob Colayco说,研发团队在单人战役中会放入只有单人战役才有的单位,像是火蝙蝠、死灵式战机、医护兵等,每个任务开头将以说故事的介面,让角色自己说话,希望使玩家更加了解故事剧情,玩家点选画面中的仪表板、电视等,都会呈现有趣的背景资料;玩家也可以点选其他角色与之对话,随著任务的进行,与其他角色的对话内容会随之改变,让玩家可以彻底体验故事。
Bob Colayco指出,玩家通过解决任务可以获得金钱奖励,这些金钱可以使用在军械库中的科技,玩家可以依照个人的喜好,选择优先提升如医护兵的医疗能力,或是陆战队的攻击力等,玩家可以客制化自己的军队,像喜爱防御型的玩家或许会选择升级碉堡、防卫塔等;大多数的科技提升只有在单人战役才可以买得到,此举可以让单人战役尽情发挥,也不会影响多人模式下的平衡设定。但在《自由之翼》中,只有人族的科技可以购买升级。